Kostel sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici byl postaven v letech 1730–1735 jako římskokatolický kostel sv. Karla Boromejského v barokním stylu podle návrhu architektů Pavla Ignáce Bayera a Kiliána Ignáce Dientzenhofera. V roce 1783 byl kostel zrušen a sloužil jako skladiště. V letech 1933–1934 byl předán pravoslavné církvi, která ho spravuje dodnes. V roce 1935 byl slavnostně zasvěcen sv. Cyrilu a Metodějovi.
Kostel vešel do českých dějin v roce 1942. Po atentátu na říšského protektora Reinharda Heydricha 27. května 1942 biskup Gorazd, farář Václav Čikl, kaplan Vladimír Petřek, předseda sboru starších Jan Sonnevend a kostelníci Karel Louda a Václav Ornest, kteří po celou válku spolupracovali s odbojem, poskytli úkryt parašutistům, kteří se na atentátu podíleli. Postupně se do úkrytu v místní kryptě uchýlili Jaroslav Švarc, Jan Kubiš, Josef Valčík, Jan Hrubý, Josef Bublík, Adolf Opálka a Josef Gabčík.
Na kostele jsou dodnes patrné stopy po ostřelování z 18. června 1942. Bombardováním 14. února 1945 kostel příliš poškozen nebyl, přestože se nachází v Resslově ulici, která byla na mnoha místech bombami zasažena. Josef Sudek na snímku zachytil boční průčelí obrácené do Resslovy ulice, přičemž válečná poškození téměř nejsou na dálkovém pohledu z Václavské ulice patrná.
Dnes se v kostele nachází Národní památník hrdinů Heydrichiády.